Ya. Anda dapat mengakses VPS melalui SSH dengan login root karena pada prinsipnya Anda memiliki sebuah server tersendiri yang dapat Anda konfigurasi dan lakukan kustomisasi sendiri.
Namun perlu diingat karena root adalah privilege tertinggi, kesalahan pengoperasian dapat menyebabkan VPS Anda "rusak" OSnya dan perlu dilakukan restore atau re-install untuk membuatnya dapat beroperasi kembali.